Öğrenciler, eğitim programları içinde kendi öğretmenleri ile yaptıkları derslerin yanında sekiz ayrı branşta da ders almaktadırlar.

Branş dersleri ve uygulama alanları şöyledir:

Satranç - Satranç Odası
Halkoyunları - Çok amaçlı salon
Beden Eğitimi - Spor salonu
Resim - Seramik Resim ve seramik atölyeleri
Müzik - Müzik atölyesi
İngilizce – Story land sınıfı
2. Yabancı Dil - Yabancı dil sınıfları
Bilgisayar dersleri  - Bilgisayar laboratuvarı

Branş öğretmenleri ile bu derslerde çalışan öğrenciler bu ders alanlarda gelişme sağlarlarken aynı zamanda uyum sağlama, topluluk içine katılma, sosyalleşme konularında da önemli mesafeler kaydetmektedirler.

Öğrenciler, işledikleri konularla ilgili hazırlanmış eğitim CD’lerini de kullanarak haftada en az iki saat derslerini teknoloji sınıflarında işlerler. ( Bkz. Teknoloji sınıfları )

Sınıf öğretmenleri ile uygulanan programda ise fen ve doğa etkinlikleri (laboratuvarlar da kullanılarak), sanat etkinlikleri, serbest zaman etkinlikleri, okuma –yazmaya hazırlık, oyun etkinliği, Türkçe dil etkinlikleri ( drama, hikâye tamamlama, kukla, hikâye oluşturma), anadil çalışmaları                      ( tekerleme, bilmece, şiir, parmak oyunu vb.) yer almaktadır.

Öğrenciler haftada bir saatlerini öğretmenleri ile kütüphanede geçirmektedirler. Kitap inceleme, hikâye tamamlama ve resmetme çalışmaları yapan öğrenciler, Çakabey Okulları’nda AB seviyesinden üstte olan okuma oranlarına şimdiden hazırlanırlar.

Önemli gün ve haftalarda ise anlam ve öneme uygun etkinlikler yapılmaktadır. (Bkz. Etkinlik takvimi)

Yıl boyunca öğrenciler, anasınıfı çapında sosyal sorumluluk projeleri hazırlarlar ve tüm okul çapında düzenlenen projelere de iştirak ederler. Kermes yapma, atık pil, atık kâğıt gibi onların yaşlarına uygun olarak yapılan bu çalışmalar yıl boyunca sürer. Böylece öğrenciler kamu yararına sorumluluk alma ve çözümün bir parçası olma yönünde eğitilmiş alırlar.

Her yıl ikinci dönemden itibaren İlköğretime hazırlık programı başlatılarak öğrencilerin uyum süreci sağlanmaktadır. Bu program anasınıfı ve 1. sınıf öğretmenlerinin koordinasyonuyla yürütülmektedir.

Anasınıfı öğrencileri için özel olarak kurulan ve Ege Üniversitesi Astronomi Bölümü’nden Oğuzhan Köse’nin başkanlığını yaptığı “ Bilimle Tanışıyorum Kulübü”nde yıl boyunca astronomi ve bilim üzerine çalışmalar yapılmaktadır. Çakabey Gözlemevi’nde astronomi ile tanışan öğrenciler sene sonunda ise kulüpte yapılan çalışma ve deney sonuçlarından ise bir açılması planlanmaktadır.