Özel Çakabey Okulları’nda özel önem verilen eğitim uygulamalarından bir tanesi de yıllık proje çalışmalarıdır. Proje konuları seçenekli olarak öğretmenler tarafından hazırlanır ve öğrenci tarafından seçilir. Bu seçimlerde kendilerine sunulan proje konularına ekleme yapmak isteyen öğrencilerin istekleri de göz önünde bulundurulur.  Öğrenciler öğretim yılının başında, seçtikleri branşta bir proje grubu oluştururlar. Grup sayısı en az 3 en fazla 5 kişiden oluşur. Öğrenciler yedi ay süren çalışmaları süresince;

Kütüphane ve internet yardımıyla ulusal ve uluslararası literatür taraması,
Özel ve resmi kurum irtibatları,
Uzman kişi röportajları,
Yaratıcılıklarını kullanacakları drama, sergi, kısa film, belgesel v.b.

çalışmaları bir araya getirerek yazılı ve sözlü sunum yapmaktadırlar. Öğrenciler, hazırladıkları projeleri yazılı hale getirerek bilimsel çalışmalarının kalıcı olmasını ve kendilerinden sonra gelecek bireylerin bu çalışmalardan yararlanmalarını sağlamaktadırlar. Bunun için üniversitelerde kullanılan tez yazım kurallarını ilkokuldan itibaren tüm öğrencilere öğretilmektedir.

4.sınıftan 12. sınıfa kadar yılda bir proje hazırlayan öğrencilerin bu çalışmaya katılması zorunludur.

Proje sunum tarihleri, her yıl web sitesinde toplu olarak açıklanır ve proje sunumları, izlemek isteyen tüm velilerin katılımına açıktır. İlköğretim projeleri teknoloji sınıfları ve konferans salonunda, lise proje sunumları konferans salonunda öğrenci, öğretmen ve idarecilerinin katılımı ile gerçekleşir. Sunumlardan sonra öğrenci-öğretmen ve idareciler tarafından sözlü değerlendirme yapılır ve değerlendirme formları dağıtılır. Lisede tüm sunumların bitiminde ilk üçe giren projelerin öğrencilerine teşekkür belgesi verilir.

Yıllık projeler, il ve ülke genelinde yarışmalara da katılmaktadır. Öğrenciler,  akademik kurullar önünde sözlü sunum yaparak bilgiden bilgi üretme konusundaki becerilerini ortaya koymaktadırlar.